Địa bàn xã Lê Lợi hiện nay trước đây vốn là hai xã Lê Lợi và Danh Sỹ thuộc huyện Thạch An.

Ngày 9 tháng 9 năm 2019, sáp nhập một số xóm thuộc hai xã Lê Lợi và Danh Sỹ.[3]

Trước khi sáp nhập, xã Lê Lợi có diện tích 16,19 km², dân số là 1.032 người, mật độ dân số đạt 64 người/km², có 3 xóm: Bản Siềng, Nà Niếng, Nà Tậu. Xã Danh Sỹ có diện tích 21,54 km2, dân số là 764 người, mật độ dân số đạt 35 người/km2, có 3 xóm: Bản Bung, Bản Pằng, Bản Nhận.

Ngày 10 tháng 1 năm 2020, sáp nhập toàn bộ diện tích và dân số của xã Danh Sỹ vào xã Lê Lợi.[1]